শিশুদের ওপর যৌন নিপীড়নের প্রভাব দু’ধরনের হতে পারে। স্বল্পকালীন এবং দীর্ঘকালীন শারীরিক ক্ষত যেমন ছড়ে যাওয়া, কামড়ানো, কেটে যাওয়া ইত্যাদি, যৌনাঙ্গ থেকে রক্তক্ষরণ এবং অন্যান্য শারীরিক আঘাত কখনও কখনও শিশুরা ভয় পায়, অপরাধবোধে, অবসাদে ভোগে, নিজেদের দোষী ভাবে এবং ধীরে ধীরে পরিবার থেকে বিচ্ছিন্ন হয়ে যায়। অনেক সময় শিশুই পরিণত বয়সে পৌঁছে নানা সমস্যায় পড়ে এবং ঘন ঘন যৌনক্রিয়ায় অভ্যস্ত হয়ে পড়ে। এ ছাড়াও এ সমস্ত বিকৃত যৌনতার শিকার শিশুরা অপরের প্রতি বিশ্বাস হারায়, যার ফল তাদের নিজেদের জীবনের উপরেও পড়ে, যদি না তাদের মনোরোগ বিশেষজ্ঞ দ্বারা চিকিত্সা করানো হয়।